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Además de las cadenas hidrocarbonadas, en los compuestos orgánicos pueden existir átomos o grupos de átomos diferentes del carbono e hidrógeno, que le aportan al compuesto una determinada reactividad, y que reciben el nombre de grupos funcionales. En tales casos los compuestos pueden considerarse derivados de los hidrocarburos, tanto alifáticos como aromáticos, por sustitución de uno o más de sus átomos de hidrógeno por tales grupos funcionales.
Para nombrar estos compuestos se pueden seguir varios sistemas, de los cuales los más usados son:
a) La nomenclatura radicofuncional: el nombre se forma con dos palabras, la que indica la clase de función y el nombre del radical. Por ejemplo: alcohol etílico, éter dietílico.
b) La nomenclatura por sustitución: el nombre se forma partiendo del hidrocarburo correspondiente y anteponiendo un prefijo o añadiendo un sufijo, según los casos, para indicar el grupo funcional existente. Si hay varios grupos funcionales, el sufijo se reserva para el más importante, y los demás se nombran mediante prefijos. Por ejemplo: etanol, etoxietano.